Registro del orden de la expresión génica en el ADN mediante la adición de CRISPR a los códigos de barras Retron

  • Simon, A. J., Ellington, A. D. & Finkelstein, I. J. Retrons y sus aplicaciones en ingeniería genómica. Ácidos nucleicos res. 4711007–11019 (2019).

    CAS PubMed Central Artículo Google Académico

  • Barango, R et al. CRISPR proporciona resistencia adquirida a virus en procariotas. Ciencias 3151709-1712 (2007).

    ADS CAS PubMed Google Scholar Artículo

  • Church, GM, Gao, Y. & Kosuri, S. Almacenamiento de información digital de próxima generación en el ADN. Ciencias 3371628–1628 (2012).

    ADS CAS PubMed Google Scholar Artículo

  • Shipman, S. L., Nivala, J., Macklis, JD & Church, GM Codificación de película digital CRISPR-Cas en los genomas de un grupo de bacterias vivas. templar la naturaleza 547345–349 (2017).

    ADS CAS PubMed Central Artículo Google Scholar

  • Yim, SS et al. Potente almacenamiento directo de datos digitales a biológicos en células vivas. nacional química Biol. 17246–253 (2021).

    CAS PubMed Central Artículo Google Académico

  • Ceze, L., Nivala, J. & Strauss, K. Almacenamiento de datos moleculares digitales usando ADN. nacional Reverendo Genet. 20456-466 (2019).

    CAS PubMed Google Académico Artículo

  • Roquet, N., Soleimany, A. P., Ferris, A. C., Aaronson, S. & Lu, T. K. Máquinas de estado basadas en recombinasa sintética en células vivas. Ciencias 353ad8559 (2016).

    Artículo de PubMed CAS Google Académico

  • Sheth, RU, Yim, SS, Wu, FL & Wang, y HH Grabación múltiplex de eventos celulares a lo largo del tiempo en cinta CRISPR biológica. Ciencias 3581457-1461 (2017).

    ADS CAS PubMed Central Artículo Google Scholar

  • Schmidt, F., Cherepkova, MY & Platt, R. J. Registro transcripcional a través de la adquisición de ARN con espaciador CRISPR. templar la naturaleza 562380–385 (2018).

    ADS CAS PubMed Google Scholar Artículo

  • Rastreando a Wagner, DE & Klein y AM El linaje se encuentra con la ómica unicelular: oportunidades y desafíos. nacional Reverendo Genet. 21410-427 (2020).

    CAS PubMed Central Artículo Google Académico

  • Calle, K et al. Tirachinas: linaje celular y pseudoinferencia de la célula unicelular. genómica BMC 19477 (2018).

    PubMed PubMed Central Artículo CAS Google Scholar

  • Perli, SD, Cui, CH & Lu, T. K. Grabación continua de genes utilizando la tecnología CRISPR-Cas autodirigida en células humanas. Ciencias 353aag0511 (2016).

    Artículo de PubMed CAS Google Académico

  • Parque, J. et al. Registre el tiempo transcurrido y la información temporal sobre eventos biológicos utilizando Cas9. célula 1841047-1063 (2021).

    CAS PubMed Google Académico Artículo

  • Shipman, S. L., Nivala, J., Macklis, J. D. & Church, GM Registros moleculares mediante adquisición guiada de un espaciador CRISPR. Ciencias 353aaf1175 (2016).

    PubMed PubMed Central Artículo CAS Google Scholar

  • Simon, A. J., Morrow, B. R. & Ellington, A. D. Retroelement basado en la edición y evolución del genoma. sintetizador ACS. Biol. 72600–2611 (2018).

    CAS PubMed Google Académico Artículo

  • Sharon, E. et al. Las variantes genéticas funcionales se revelaron mediante la edición paralela del microgenoma. célula 175544-557 (2018).

    CAS PubMed Central Artículo Google Académico

  • Schubert, MG et al. Pantallas de variantes funcionales de alto rendimiento a través de la producción de ADN monocatenario in vivo. Brooke. Acad Natel. Ciencias. Estados Unidos de América 118e2018181118 (2021).

    CAS PubMed Central Artículo Google Académico

  • Lopez SC, Crawford KD, Lear SK, Bhattarai-Kline, S. & Shipman, SL Edición precisa del genoma en los reinos de la vida utilizando ADN derivado de retron. nacional química Biol. 18199-206 (2022).

    CAS PubMed Google Académico Artículo

  • Farzadfard, F. & Lu, T. K. Una memoria analógica codificada genómicamente con tipificación precisa de ADN in vivo en poblaciones de células vivas. Ciencias 3461256272 (2014).

    PubMed PubMed Central Artículo CAS Google Scholar

  • Yosef, I., Goren, M.G. & Qimron, U. Proteínas y elementos de ADN esenciales para el proceso de adaptación de CRISPR en Escherichia coli. Ácidos nucleicos res. 405569–5576 (2012).

    CAS PubMed Central Artículo Google Académico

  • Núñez, JK et al. La formación del complejo Cas1-Cas2 media la adquisición del espaciador durante la inmunidad adaptativa CRISPR-Cas. nacional estructura. centro comercial. Biol. 21528-534 (2014).

    PubMed PubMed Central Artículo CAS Google Scholar

  • Wang, J. et al. Base estructural y mecánica para la adquisición de espaciadores dependientes de PAM en sistemas CRISPR-Cas. célula 163840-853 (2015).

    CAS PubMed Google Académico Artículo

  • Millman, A. et al. Los retrones bacterianos actúan en defensa contra los fagos. célula 1831551-1561 (2020).

    CAS PubMed Google Académico Artículo

  • Bobonis, J. et al. Los retrones bacterianos codifican los sistemas tritoxina/antitoxina. Preimpresión en bioRxiv https://doi.org/10.1101/2020.06.22.160168 (2020).

  • Lampson, Columbia Británica y col. Enzima transcriptasa inversa en una cepa clínica de Escherichia coli: Producción de ARN ramificado de ADNm. Ciencias 2431033–1038 (1989).

    ADS CAS PubMed Google Scholar Artículo

  • Silas, S et al. Adquisición directa del espaciador CRISPR del ARN por la proteína de fusión inversa natural-Cas1. Ciencias 351ad4234 (2016).

    PubMed PubMed Central Artículo CAS Google Scholar

  • Bonnet, J., Subsoontorn, P. y Endy, D. Almacenamiento de datos digitales regrabables en células vivas mediante el control geométrico de la dirección de recombinación. Brooke. Acad Natel. Ciencias. Estados Unidos de América 1098884–8889 (2012).

    ADS CAS PubMed Central Artículo Google Scholar

  • Kim, S. et al. Carga selectiva y procesamiento de trampas para una personalización precisa con CRISPR. templar la naturaleza 579141 – 145 (2020).

    ADS CAS PubMed Google Scholar Artículo

  • Ramachandran, A., Summerville, L., Learn, B.A., DeBell, L. y Bailey, S. Escherichia coli El sistema CRISPR se basa en nucleasas del huésped bacteriano. J. Biol. química 2953403–3414 (2020).

    CAS PubMed Google Académico Artículo

  • Chapman, KB & Boeke, JD Aislamiento y caracterización del gen que codifica la enzima de levadura. célula sesenta y cinco483-492 (1991).

    CAS PubMed Google Académico Artículo

  • Lim, D. Síntesis y biosíntesis de ADN monocatenario multicatenario no conjugado por transcriptasa inversa en clínica. Eschechia coli Aislamiento. centro comercial. microbiol; 63531–3542 (1992).

    CAS PubMed Google Académico Artículo

  • Jung, H., Liang, J., Jung, Y. & Lim, D. Caracterización de la muerte celular en Escherichia coli Está mediada por XseA, una gran subunidad de la exonucleasa VII. J. Microbiol. 53820-828 (2015).

    CAS PubMed Google Académico Artículo

  • Han, S et al. Exonucleasa RecJ: sustratos, productos e interacción con SSB. Ácidos nucleicos res. 341084-1091 (2006).

    CAS PubMed Central Artículo Google Académico

  • Meyer, A. J., Segall-Shapiro, T. H., Glassey, E., Zhang, J. y Voigt, CA. Escherichia coli Las cepas de marionetas con 12 sensores de partículas pequeñas están altamente optimizadas. nacional química Biol. 15196-204 (2019).

    CAS PubMed Google Académico Artículo

  • Grubbs, FE Procedimientos para la detección de observaciones distantes en muestras. Tecnologia 111–21 (1969).

    Artículo de Google Académico

  • Stefansky, W. Rechazo de valores atípicos en diseños fresados. Tecnologia 14469-479 (1972).

    Artículo MATH Scholar de Google

  • Hayflick, L. & Moorhead, PS Cultivo en serie de linajes de células diploides humanas. Exp. célula. Precisión. 25585-621 (1961).

    CAS PubMed Google Académico Artículo

  • Yang, L. et al. Memoria genética permanente con una capacidad de >1 byte. nacional Métodos 111261-1266 (2014).

    CAS PubMed Central Artículo Google Académico

  • Yehl, K. & Lu, T. Escalamiento aritmético y memoria en células vivas. en moneda Opinión. biomedicina METRO. 4143-151 (2017).

    PubMed PubMed Central Google Académico Artículo

  • Mosberg, J. A., Gregg, C. J., Lajoie, M. J., Wang, H. H. & Church, GM Mejorando la ingeniería del genoma rojo lambda en Escherichia coli Por eliminación racional de endonucleasas. MAS UNO 7e44638 (2012).

    ADS CAS PubMed Central Artículo Google Scholar

  • Moore, SD en Ingeniería de deformaciones: métodos y protocolos (Editor Williams, JA) 155–169 (Humana Press, 2011).

  • Datsenko, KA & Wanner, BL Inactivación en un solo paso de genes cromosómicos en Escherichia coli K-12 utilizando productos PCR. Brooke. Acad Natel. Ciencias. Estados Unidos de América 976640 – 6645 (2000).

    ADS CAS PubMed Central Artículo Google Scholar

  • Rogers, J.K. et al. Biosensores sintéticos para un control génico preciso y monitorización en tiempo real de metabolitos. Ácidos nucleicos res. 437648–7660 (2015).

    CAS PubMed Central Artículo Google Académico

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